主簿替他打理一切繁杂的政务琐事，他才好制定如何抵御桓玄的策略。
这时候，一句影响刘裕和刘穆之一生的一句话，从何无忌处脱口而出：“无过刘道民。”
然后，刘裕连夜召见了刘穆之，两人相见恨晚，自此互相成就，成为了历史上的最佳拍档之一。
刘穆之博才多学，对于政务经验丰富，大多数急事在他手下都井井有条，再加上刘穆之多谋善断，刘裕许多大事基本都由刘穆之拍板，自此，刘裕在京口发展迅速。】
【有了刘穆之的协助，刘裕便有了信心与桓玄展开宿命的对决。
这时候，外部的倒桓联盟已经形成，大家也一致推举刘裕为第一把手。孟昶作为长史，带着北府兵一千七百多人驻扎在竹里，天天向外界发布公告，号召大家团结起来，打倒桓玄集团。
桓玄才听到刘裕喊出打倒桓玄的口号就坐不住了，从太子宫里搬回皇宫，赶紧任命桓谦为征讨都督。
桓谦请求马上向刘裕展开军事行动，可桓玄却不同意，他认为：“刘裕是一条好汉，他的部队也是精锐部队，战斗力很强，现在他们是造反，打起来只会更猛。所以，咱们只需要守住覆舟山，布置好防线，等刘裕主动过来进攻。
等到刘裕大军到的时候，他们已经狂奔了二百多里，还什么也没有得到，肯定锐气全失。
咱们的大军以逸待劳，等到他们到的时候再突然杀出去，他们一定惊慌失措、不战自乱，咱们获胜也将不费吹灰之力！”
不得不说，桓玄想得很美，按照他这么干的话，死的可能会更快一些。】
【刘裕与桓玄的战斗这里就不详细叙述了，反正刘裕以少胜多，逼近建康，而桓玄则因为久居建康，四面反叛者众，心生胆怯。
在刘裕逼近之时，非但没有率领精锐前去剿灭人数极为劣势的刘裕，反而决定将帝都建康拱手相让，带着大军和东晋帝后撤回了荆州腹地。
刘裕随即入主建康，而刘穆之则从京口民兵办事处主任，一下跃升为京城市长。
而随着刘裕掌控东晋朝廷之后，刘穆之更是升任了东晋帝国实际政务的唯一办事处负责人。
不过这时候的刘裕根基很不稳，为了帮助刘裕巩固统治，刘穆之采用了以下几条重要举措：
一、重塑司马氏的正统地位，以显示京口起兵的合法性。烧掉了桓玄所立的桓温牌位，重新为晋帝立庙，并且派人迎接东晋皇帝司马德宗。
二、对于桓楚政权的官员，只诛首恶，胁从不问。刘穆之将打击目标锁定为桓氏家族，对其他人则赦免其罪行。
三、协调各派系各阶层的关系。由于当时刘裕的威望还不高，刘穆之任命来自高等士族的王谧为侍中，作为刘裕在朝廷的代理人。
刘穆之颁布的法令重在约束贵族门阀，施恩平